ด้วยที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 8/2562 เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม 2562 ได้มีมติเห็นชอบให้จัดตั้ง
ศูนย์นวัตกรรมการศึกษาแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร และมหาวิทยาลัยศิลปากรได้ออกประกาศ เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่ 9) ลงวันที่ 11 กันยายน 2562
โดยศูนย์นวัตกรรมการศึกษาแห่งมหาวิทยาลัยศิลปากร เป็นหน่วยงานภายในระดับกองที่มีภาระหน้าที่เฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของสำนักงานอธิการบดี
